Francisco Barnés de Castro renunció a la Rectoría el 12 de noviembre de 1999 con el objetivo de dar solución a la huelga estudiantil que mantuvo cerrada la UNAM por 207 días. El 19 del mismo mes, Juan Ramón de la Fuente Ramírez asumió el cargo de rector para el periodo 1999-2003, y se reunió con profesores del Colegio de Ciencias y Humanidades (CCH) y de la Escuela Nacional Preparatoria (EPN) el 3 de enero del 2000, en la Antigua Escuela de Medicina, para hacerles saber que, independientemente de lo que ocurriera en la UNAM, “jamás permitiré que se separe el bachillerato de esta casa de estudios”.
El nuevo titular de la Rectoría enfatizó que “el CCH y la ENP son parte indisoluble de la Universidad, con ellos hemos crecido, nos hemos proyectado y seguiremos unidos hasta encontrar nuevamente el rumbo y el camino que todos deseamos”.
Posteriormente, el 6 de enero, el Consejo Universitario aprobó por 112 votos la propuesta de De la Fuente para solucionar el conflicto universitario y el inicio de la reforma universitaria.
Destacó que el 20 de enero la Rectoría convocó a plebiscito para solucionar el conflicto, que contó con una amplia participación de la comunidad universitaria y de profesores y alumnos del CCH, quienes pidieron el fin del paro estudiantil.
La huelga concluyó el 6 de febrero, cuando la Policía Federal Preventiva entró a Ciudad Universitaria para recuperar las instalaciones.
El 8 de febrero, el director general del Colegio, los titulares de los cinco planteles y los secretarios del CCH hicieron una revisión de las instalaciones de los centros escolares. “Prácticamente todos los locales de los planteles fueron abiertos, aunque hay excepciones. Sin embargo, hay un saqueo generalizado en los departamentos de audiovisuales y pérdida de alrededor de 30 computadoras por plantel, algunos laboratorios de cómputo, de ciencias experimentales y de las oficinas administrativas. Las bibliotecas, en cambio, están intactas, lo cual es alentador, porque se cuenta con libros para que los alumnos puedan leer y estudiar”, dijo José de Jesús Bazán Levy, director del Colegio.
Pero, sobre todo, fueron los estudiantes, profesores y padres de familia quienes se organizaron en cuadrillas de trabajo, con la ayuda de escobas, trapeadores, cubetas y detergentes se dieron a la tarea de limpiar los espacios de los cinco planteles, para que el 21 de febrero comenzaran las clases en el Colegio.
El año 2000 se caracterizó porque se pusieron manos a la obra para impulsar la vida cotidiana de la comunidad cecehachera, integrada por más de 60 mil estudiantes y dos mil 566 profesores, quienes llenaron de vida los salones de clases, laboratorios y bibliotecas, así como espacios culturales y deportivos.
De ese año, sobresalió que del 9 al 15 de octubre directivos del CCH dieron la bienvenida a la generación 2001, y más de 40 mil personas se reunieron en la extienda de la UNAM; además, a los cursos de nivelación de estudiantes de primer ingreso, acudieron 9 mil alumnos, mil 800 por plantel, quienes recibieron el Prontuario del Estudiante; además, la Secretaría de Informática lo puso en línea, el Curso de Nivelación 2000 y el Manual para profesores del curso de Nivelación 2000.
Ese año asumieron los cargos de directores: Angélica Galnares Campos, para el plantel Naucalpan; Miguel Ángel Rodríguez Chávez, para el plantel Oriente, y Moisés Flores Espinoza, para el plantel Azcapotzalco, todos para el periodo 2000-2004.
