En 1995, el Colegio trabajó con el objetivo de impulsar una estructura de investigación que respondiera a la misión y vocación institucional, para adecuar las exigencias y retos a una época en la que se requería potenciar el conocimiento científico y social.
Destacó, en ese entonces, la organización de la Primera Feria de las Humanidades y las Ciencias Sociales, en colaboración de la Escuela Nacional Preparatoria (ENP) y la Dirección General de Incorporación y Revalidación de Estudios (DGIRE); también se ofrecieron 44 conferencias por parte de investigadores universitarios en el programa Jóvenes hacia la Investigación, en dos ciclos a solicitud de los profesores del bachillerato, para poder atender a más de cinco mil alumnos.
Además de que se participó en el cincuentenario de los Consejos Técnicos de la Investigación.
Por el lado académico, concluyó la propuesta del Plan de Estudios actualizado del Ciclo de Bachillerato, se organizó un seminario sobre Planeación Nacional del Desarrollo.
Ese año, el rector de la UNAM, José Sarukhán Kermez, nombró a Jorge González Teyssier coordinador del CCH para el periodo 1995-1998.
Una vez publicados los resultados de los exámenes a nivel bachillerato y licenciatura de la UNAM, surgió el conflicto de los reprobados, un grupo de estudiantes del Consejo Estudiantil Universitario (CEU) organizó a quienes llamaron “discriminados del sistema educativo”, para reclamar más espacios en la UNAM y exigir la revisión del examen.
En respuesta a su demanda, la Universidad envió los resultados a 110 mil estudiantes rechazados el 10 de agosto, se integró el Movimiento de Excluidos de la Educación Media Superior y Superior (MEEMS), pidió el acceso a la educación a los 180 mil rechazados, que se abrieran otros cinco planteles del CCH y un tercer turno en la ENP; así como que la UNAM ampliara la matrícula para atender a 45 mil estudiantes más.
El 22 de septiembre fue tomada la torre de Rectoría por un grupo de jóvenes que apoyaban el movimiento, además de la Coordinación del CCH y el plantel Sur.
Fue entonces que el rector Sarukhán llamó a defender a la UNAM ante la sinrazón y violencia con que actuaron los inconformes.
El 26 de septiembre, estudiantes, trabajadores y funcionarios universitarios participaron en la llamada “marcha silenciosa”, en demanda de la devolución de la Rectoría, lo cual se logró después de varios días de ocupación.
En octubre del mismo año, una propuesta de modificación al Plan de Estudios del Colegio, que entraría en vigor en 1996, provocó que integrantes del CEU cerraran los cinco planteles del CCH. A ocho días de iniciado el paro, los estudiantes y profesores iniciaron clases extramuros con el fin de salvar el semestre.
Como resultado de las negociaciones entre autoridades y estudiantes, en enero de 1996 se aprobó la convocatoria para la selección de alumnos del CCH que integrarían la Comisión especial del Consejo Técnico, cuyo propósito sería promover el proceso de información y de consulta entre la comunidad sobre la actualización del Plan de Estudios.
